Розташований у єдиному в місті будинку дореволюційної побудови, який називається «Будинком з колонами» та споруджений у 1910 році на замовлення професора Одеського технічного університету Меттельштейна. Розташовувався особняк на Приморському бульварі поруч з Маріїнським парком.

Музей засновано 1976 року. Музейний фонд становив 10 тисяч експонатів. У його експозиції в основному було відображене історичне минуле міста і району, експозиція була присвячена подвигу скадовчан на фронтах Другої світової війни. У 1978 році музею присвоєно звання Народний музей.

У 1981 році Скадовський історико-краєзнавчий музей став центром методичної музейної роботи в районі. Рада музею розробила методичні листи і рекомендації щодо збирання експонатів, обладнання музеїв та музейних кімнат. Скадовський народний музей допоміг в створенні краєзнавчих музеїв у сільських населених пунктах. За його допомогою в районі розпочали роботу 7 сільських музеїв. На 2021 рік у музеї були представлені предмети археологічних культур, зброя, предмети вжитку ХVІІІ – ХІХ століття та багато іншого.

Місто Скадовськ було окуповано в перші дні повномасштабного вторгнення РФ в Україну. Наразі колабораційна влада активно використовує музей і українську культурну спадщину для просування ідей «русского мира» та розповсюдження кремлівської пропаганди. У музеї триває повна реекспозиція. Будуть відкриті зали, присвячені історії та культурі Кабардіно-Балкарії та спеціальній військовій операції. При музеї відбуваються лекції для дітей та юнацтва пропагандистського направлення.